Finał Pomorskiej Nagrody Muzealnej 2016 odbył się 18 maja 2016 roku, w Domu Uphagena, oddziale Muzeum Gdańska, laureatom konkursu nagrody i wyróżnienia wręczył Władysław Zawistowski, dyrektor Departamentu Kultury Urzędu Marszałkowskiego.

12 kwietnia 2016 o godzinie 12:00, w Muzeum Poczty Polskiej odbyło się posiedzenie kapituły Pomorskiej Nagrody Muzealnej.
Jury obradowało w składzie:
Beata Jaworowska
Renata Wierzchołowska,
prof. dr hab. Arkadiusz Janicki
prof. dr hab. Witold Świętosławski .
Teresa Lasowa
dr Maciej Rydel
Piotr Tarnowski
Ewa Malinowska

Do II edycji zgłoszonych zostało 17 projektów muzealnych z 10 pomorskich instytucji. Trzy główne, równorzędne nagrody otrzymali:

Anna Sujecka z Muzeum Pomorza Środkowego w Słupsku za realizację projektu „Sola scriptura – biblijne malarstwo i grafika pomorskich protestantów od XVI do XX wieku” wraz z dwujęzycznym katalogiem i programem edukacyjnym,

Piotr Chruścielski z Muzeum Stutthof w Sztutowie za „Wirtualne spotkanie ze świadkiem historii w miejscu pamięci Stutthof. Nowy wymiar”,

Maciej KraińskiDobromiła Rzyska-LaubeMaria Bigoś-Bojarska i Piotr Parol z Muzeum Narodowego w Gdańsku – za realizację projektu „Rewaloryzacja i adaptacja do celów muzealnych, udostępnienie siedziby polskiej rodziny ziemiańskiej Pałacu w Waplewie Wielkim jako Muzeum Tradycji Szlacheckiej. Pomorskiego Ośrodka Kontaktów z Polonią”.

Decyzją Kapituły konkursu honorowe wyróżnienie otrzymał Mateusz Jasik z Muzeum II Wojny Światowej za realizację warsztatów muzealnych „Sekrety Enigmy”.

Honorowym Patronem wydarzenia i fundatorem nagród pieniężnych był Marszałek Województwa Pomorskiego Mieczysław Struk.